A resposta para isso pode depender de qual versão do Ubuntu você está executando. Na versão 10.10 (e talvez na versão 10.04) que usa upstart você pode editar o arquivo /etc/init/vsftpd.conf
e comentar as duas linhas envolvidas com o início do vsftpd da seguinte forma:
#start on (filesystem
# and net-device-up IFACE!=lo)
O # no início das linhas indica um comentário e desativará o início do vsftpd na inicialização.
Quando estiver pronto para iniciar o vsftpd, você pode simplesmente digitar:
sudo start vsftpd
em um prompt de comando para iniciar o vsftpd. Para parar, você usaria:
sudo stop vsftpd
Espero que isso seja útil!