Este não é o comportamento do samba que quebra o link. Larsks está certo de que o comportamento que você descreveu é específico do aplicativo. Os aplicativos gravarão em arquivos usando dois métodos básicos:
Método "A": basta escrever de volta no arquivo original.
Método "B": siga um algoritmo seguro:
(1) escrever no arquivo temporário;
(2) se gravar com êxito o arquivo temporário, substitua o arquivo original pelo arquivo temporário.
No método "B", a gravação no arquivo temporário resultará, é claro, em um novo inode e a substituição do arquivo original interromperá o link físico.
Veja por si mesmo: crie um arquivo text.txt simples no compartilhamento samba, juntamente com um arquivo vinculado. Edite o arquivo samba usando o bloco de notas ou o wordpad e você verá que os inodes ainda são os mesmos. Faça o mesmo com o MS-Word e descubra que o arquivo salvo recebe um novo inode, quebrando assim o hard link. Portanto, o bloco de notas e o teclado de Word usam o método "A", enquanto o MS-Word usa o método "B". Você pode provar para si mesmo que isso não é samba usando um sistema de arquivos ext3 local montado no Windows e executando os mesmos testes.