É possível descriptografar e exibir a origem de procedimentos armazenados SQL criptografados, uma pesquisa rápida por "procedimento armazenado Decrypt sql" mostra um número razoável de ocorrências, por exemplo:
No entanto, criptografar seu procedimento armazenado, pelo menos, dificulta a visualização da fonte - também não tenho certeza se algum dos métodos atuais de descriptografar procedimentos armazenados é realmente viável em uma instalação de um servidor SQL ao vivo - da última vez que olhei muitos métodos exigiam acesso exclusivo à instância do servidor SQL e impediam que outros usuários acessassem o servidor (embora isso ainda não seja verdade).
Também vale notar que a criptografia do procedimento armazenado pode aumentar as dores de cabeça de suporte - porque você não consegue mais ver os planos de execução dos procedimentos armazenados criptografados, pode ter problemas ao tentar diagnosticar problemas de desempenho.
Não conheço nenhum outro método para proteger sua fonte.