Eu não diria que o FTPS está obsoleto. Ainda é uma opção viável para transferência segura de arquivos.
A maneira como você descreve sua situação faz parecer que o FTPS seria a solução mais adequada para o problema que você está tentando resolver, mas teme que seja antiquado.
Eu não me preocuparia com isso. Se o FTPS resolver seu problema, vá em frente.
Uma terceira opção que você pode considerar é WebDAV . Como com o FTP, adicionar contas de usuário virtuais pode ser muito fácil.