Com o ext4 (ou ext3 / 2) você não precisa especificar o conjunto de caracteres para o sistema de arquivos. Ele não se importa, desde que você não esteja usando caracteres de controle sem escape em nomes de arquivos.
A localidade do seu sistema é mais importante. Tente dpkg-reconfigure locales
e selecione a localidade UTF-8 apropriada. Além disso, se você estiver usando o terminal virtual, certifique-se de ter o UTF-8 ativado (por exemplo, no Terminal do GNOME: Terminal- > Definir codificação de caracteres).