No seu arquivo nagios.cfg, você pode adicionar uma linha apontando para o arquivo hostgroups.cfg que você criou, dizendo aos nagios para incluir o arquivo.
cfg_file=/usr/local/nagios/etc/hostgroups.cfg
Você também pode especificar um diretório, e o nagios processará qualquer um dos arquivos encontrados em:
cfg_dir=/usr/local/nagios/etc/directory_containing_cfg_files