Desculpe por perturbar a sociedade, encontrei resposta para mim mesmo, quando explorei as fontes de Ganeti. Se alguém estiver interessado, basta modificar uma instância:
gnt-instance modify -H vnc_bind_address= <VM_name>
gnt-instance modify -H mouse_type= <VM_name>
Quando mouse_type está vazio, ele não adiciona a opção "-usb" ao KVM. vnc_bind_address deve estar vazio também, caso contrário, ele adiciona o tablet -usbdevice. O uso da CPU no modo inativo foi alterado de ~ 7% para ~ 1%.