Normalmente, onde você extraiu a fonte, você pode encontrar a fonte para todos os módulos também. Neste caso, acho que sob o diretório "ext". Então, na pasta de origem:
[php-5.3.10]$ cd ext/mcrypt/
[mcrypt]$ phpize
[mcrypt]$ ./configure --your-options-here
[mcrypt]$ make && make install
Em seguida, edite seu arquivo php.ini e adicione:
extension=mcrypt.so
Finalmente, reinicie o Apache. E eu penso que deve fazer isso por você.