Primeira pergunta - segurança
Grupos de segurança são um firewall executado no hypervisor da instância. ACLs de rede são um firewall que é executado na rede. Você pode usar um ou ambos. Em teoria, um NACL reduz a carga do host, mas é provavelmente negligenciável.
Os grupos de segurança são stateful, portanto, o tráfego de retorno é permitido automaticamente. Os NACLs exigem regras de firewall para cada direção a ser especificada, incluindo portas efêmeras. Grupos de segurança são, portanto, mais fáceis de usar.
No seu caso, sugiro que você adicione uma regra de grupo de segurança que permita o acesso do / 32 IP para cada protocolo que você precisar. O IP vai para a coluna mais à direita.
Segunda pergunta - VPN
O OpenVPN não altera o endereço IP de nada, pode ser considerado como um gateway. Seu computador se conecta à instância do EC2, quando então tem qualquer acesso que a instância do EC2 tenha. Se soubermos o que você estava tentando alcançar com uma VPN, poderemos dar um conselho melhor.
Dados seus requisitos atualizados, provavelmente usaria um servidor EC2 em uma sub-rede pública como um terminador de VPN e uma instância NAT e uma instância privada EC2 em uma sub-rede privada. Seus NACLs e grupos de segurança seriam configurados para permitir acesso à Internet de saída via NAT, mas negariam conexões de entrada que não fossem da instância de VPN.
Não tenho certeza se uma única instância pode ser o terminador da VPN e o NAT. Eu suspeito que possa.