Eu acredito que isso é porque na verdade é um disco externo e que o Ubuntu não está montando automaticamente. Então, o seu primeiro clique duplo está realmente dizendo para montar. O segundo dizendo para abrir.
Se você gostaria de duplicar o comportamento do drive USB, alguém terá que lhe dizer como configurar isso ou eu posso descobrir como fazê-lo e entrar em contato com você.