Com base na resposta encontrada aqui: Como desativo a luz de fundo ícones de alternador
Resposta curta
Você precisa editar o arquivo /usr/share/unity/5/launcher_icon_glow_200.png. Eu usei cores GIMPs - > Mapa - > Color Exchange para editar a cor ao meu gosto.
Long Answer (tinha imagens inline, mas meu representante é muito baixo)
Primeiro usei a resposta referenciada para excluir o PNG em segundo plano, conforme descrito, e depois localizei o (s) arquivo (s) que você deseja editar. No meu caso, descobri que apenas mudar o brilho não era suficiente.
Primeiro faça um backup dos dois arquivos, launcher_icon_selected_back_150.png e launcher_icon_glow_200.png.
cd /usr/shar/unity/5
sudo cp launcher_icon_selected_back_150.png launcher_icon_selected_back_150.png.bak
sudo cp launcher_icon_glow_200.png launcher_icon_glow_200.png.bak
Você pode editar os dois arquivos da maneira que quiser. Para simplificar, editei apenas a cor do plano de fundo:
sudo gimp launcher_icon_selected_back_150.png
Eu, pessoalmente, deixei o fundo selecionado mais escuro. Se algum efeito Gimp não estiver funcionando, certifique-se de alterar o modo de cor para RGB.
Veja como fica quando eu ver o alt + tab agora: