Você não pode excluir um usuário se houver processos sendo executados como esse usuário, o que, no caso de root , é sempre .
Você pode excluir manualmente as entradas em /etc/{passwd,shadow,group} , mas
Dependendo das configurações em /etc/nsswitch.conf , pode haver fontes alternativas da conta raiz, então as coisas continuarão funcionando. Se você, então, remover as origens alternativas em /etc/nsswitch.conf , para que apenas esses arquivos sejam usados (mantendo apenas compat ):
passwd: compat
group: compat
shadow: compat
Então as coisas começarão a se quebrar:
$ sudo -i
sudo: unknown user: root
sudo: unable to initialize policy plugin
Pode até levar a um sistema não inicializável; você terá que voltar e consertar com um modo USB ou de usuário único ao vivo.