Acabei de verificar em um sistema CentOS 5.6 onde tenho o squid + ncsa_auth funcionando. As permissões no meu /usr/lib64/squid/ncsa_auth
são
ls -lZ /usr/lib64/squid/ncsa_auth
-rwsr-x--- root squid system_u:object_r:lib_t /usr/lib64/squid/ncsa_auth
Se eu definir as permissões em /usr/lib64/squid/ncsa_auth
como as mesmas, obtenho exatamente a mesma mensagem de erro que você.
chown root:squid /usr/lib64/squid/ncsa_auth
chmod 4750 /usr/lib64/squid/ncsa_auth
chcon system_u:object_r:lib_t /usr/lib64/squid/ncsa_auth
corrige o problema no meu sistema.