Acesse /etc/xdg/autostart/ e remova a linha NoDisplay=true no arquivo gnome-software-service.desktop (ou altere true para false ). Então o Software GNOME deve aparecer na lista Aplicativos de inicialização . Você pode desativá-lo de lá.
Se o Software GNOME ainda não aparecer na lista Aplicativos de inicialização seguindo a sugestão acima, tente criar uma cópia exata do arquivo gnome-software-service.desktop em ~/.config/autostart e em seguida, anexando uma linha X-GNOME-Autostart-enabled=false a ela.