Para instalar o pacote spyder3 você deve primeiro habilite o repositório universe. Quando essa etapa for concluída, você poderá para instalar o pacote spyder3 que atualmente fornece 2.3.0 com o seguinte comando:
sudo apt-get install spyder3
Nota: Se você deseja eliminar os arquivos de configuração do spyder2, bem como o pacote que você pode querer backup para evitar consequências não intencionais e, em seguida, limpar o pacote spyder2 com sudo apt-get purge --auto-remove spyder
Para obter a versão mais recente do spyder (atualmente 3.1.4)
Se você usa anaconda:
conda update qt pyqt
conda update spyder
Apenas Se você não usa anaconda
pip install -U spyder
Se você usar o anaconda, o comando pip poderá quebrar sua instalação. Isso é de pouca preocupação se você seguir meu conselho sobre a criação de um backup e um problema potencialmente grande se você não o fizer.
Fontes:
Como eu habilito o repositório "Universe"?