Instalador Errado?
Acho que isso vai cair no instalador errado. Eu baixei o instalador do SQL Server 2012 Express Advanced Edition do link que você mencionou e foi capaz de seguir seus passos amplamente, mas eu vi uma diferença notável.
A tela Minha chave do produto é diferente da sua captura de tela. O meu apenas lista Express no menu suspenso, não "Avaliação" - Acho que a avaliação exibida indica que você tem um instalador de edição padrão (ou outro). 
Uma maneira rápida de verificar se seu instalador é um arquivo diferente seria comparar o hash. O hash sha1 que recebo neste arquivo é E1F8DEC35422A67E6733E53ED260CCE538E97EDC. FCIV ou Get-FileHash (PowerShell 4.0?) São dois exemplos no Windows.
Isso, por si só, não é uma grande resposta, então eu fui em frente e fiz uma instalação autônoma completa. Primeiro, criei um ConfigurationFile.ini exatamente como você fez.
Instalação autônoma
SQLEXPRADV_x64_ENU.exe /ACTION=Install /UIMode=Normal
Eu acompanhei o instalador até a página "Pronto para Instalar" do instalador, que mostra o caminho para o ConfigurationFile.ini que ele criou. No meu caso:
C:\Program Files\Microsoft SQL Server0\Setup Bootstrap\Log\<timestamp>\ConfigurationFile.ini
Copie ou salve este arquivo onde desejar, junto com a cópia de todo o diretório de instalação antes de fechar o instalador. Se você estiver fazendo instalações autônomas, não precisará adivinhar e copiar o nome da pasta todas as vezes. Eu acho que o diretório de instalação extra + setup.exe é necessário para instalação autônoma, eu não tive sorte tentando executar SQLEXPRADV_x64_ENU.exe com / CONFIGURATIONFILE diretamente.
O arquivo de configuração não pareceu manter nenhuma senha especificada (no meu caso, apenas SAPWD, já que eu habilitei a autenticação de Mixed-Mode no meu exemplo), de modo que ou precisaria ser adicionado ao arquivo posteriormente ou especificado como um comando argumento de linha.
Você vai querer editar seu ConfigurationFile.ini para definir Quiet="True" e comentar o UIMode = Normal, como para a instalação autônoma você geralmente não quer uma interface gráfica, e sem isso, seria apenas iniciar o instalador e aguarde a entrada do usuário.
;UIMODE="Normal"
; Setup will not display any user interface.
QUIET="True"
Como alternativa, você pode chamar SQLEXPRADV_x64_ENU.exe com o /? argumento para obter uma lista completa de parâmetros, bem como um exemplo autônomo na parte inferior para instalar sem usar um arquivo de configuração e apenas passando manualmente as opções necessárias. Seu exemplo especifica o setup.exe, então acho que o que foi dito acima requer a necessidade do diretório extra. É muito longo, então mantive isso fora da minha resposta. Eles também são documentados aqui , portanto, o arquivo pode ser criado manualmente . Observe que o link pode ter opções não disponíveis no Express.
Finalmente, com o instalador e os arquivos de configuração copiados para a máquina de destino e quaisquer modificações desejadas feitas no arquivo de configuração:
setup.exe /CONFIGURATIONFILE=c:\path\to\myConfigurationFile.ini /IAcceptSQLServerLicenseTerms /SAPWD="****************"
Notavelmente / IAcceptSQLServerLicenseTerms é importante, se você omiti-lo, ele dirá que deve ser especificado. É possível que você possa especificá-lo no seu .ini, mas eu não testei isso. *** estão no lugar da minha senha SA de teste. Se você não habilitar o modo misto ou adicionar PWs ao arquivo de configuração, essa parte pode não ser necessária.
Verificando o Express Edition
Encontrei então um script interessante para informar a versão do seu servidor (e edição) do SQL Server aqui no technet desde que eu não sabia como realmente verificar a minha edição após a instalação, dada a pergunta original é devido ao fato de aparecer a instalação da edição Standard em vez do Express. Eu admito, eu teria ficado muito surpreso se um instalador do Express do MS acabou instalando outra edição.
Esta parte, obviamente, não é necessária, mas o link está aqui .
Aqui está a saída que recebi no meu caso:
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--//Your current Microsoft SQL Server information:
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Product Version: 11.0.2100.60
Product Name: SQL Server 2012
Product Level: RTM
Product Edition: Express Edition (64-bit)
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Note, if you want to know information about CU, please read this KB below.
KB321185, <https://support.microsoft.com/en-us/kb/321185>
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Support Lifecycle stage: Mainstream Support Phase, however security/non-security updates are not available for
current 2012 baseline. Upgrade to SP2 for security/Non-security updates. For additional information refer to:
https://support.microsoft.com/en-us/lifecycle/search?sort=PN&alpha=SQL%20Server&Filter=FilterNO, and Q6, Q18
in the FAQ section of Support Lifecycle page at: https://support.microsoft.com/en-us/lifecycle#gp/lifePolicy
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Full information:
Microsoft SQL Server 2012 - 11.0.2100.60 (X64)
Feb 10 2012 19:39:15
Copyright (c) Microsoft Corporation
Express Edition (64-bit) on Windows NT 6.2 <X64> (Build 9200: ) (Hypervisor)
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--//Recommended updates:
--### RTM -> QFE or GDR
--### SP -> QFE or GDR
--### QFE -> QFE
--### GDR -> GDR or QFE
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Install the latest service pack: SP3, <https://support.microsoft.com/en-us/kb/3072779>
---------------------------------------------------------------------------------------------------------
###### QFE branch updates
---------------------------------------------------------------------------------------------------------
11.0.2376 (SQL Server 2012 RTM QFE) http://support.microsoft.com/en-us/kb/2716441
11.0.3513 (SQL Server 2012 SP1 QFE) https://support.microsoft.com/en-us/kb/3045317
11.0.5613 (SQL Server 2012 SP2 QFE) https://support.microsoft.com/en-us/kb/3045319
---------------------------------------------------------------------------------------------------------
###### GDR branch updates
---------------------------------------------------------------------------------------------------------
11.0.2218 (SQL Server 2012 RTM GDR) https://support.microsoft.com/en-us/kb/2716442
11.0.3153 (SQL Server 2012 SP1 GDR) http://support.microsoft.com/kb/2977326/en-us
11.0.3156 (SQL Server 2012 SP1 GDR) https://support.microsoft.com/en-us/kb/3045318
11.0.5343 (SQL Server 2012 SP2 GDR) https://support.microsoft.com/en-us/kb/3045321
---------------------------------------------------------------------------------------------------------
Note, if you don’t want to upgrade to latest service pack right now, we recommend you install the latest
Cumulative Update CU11 of SQL Server 2012 RTM.
Install the latest Cumulative Update (CU) of RTM: CU11, <https://support.microsoft.com/en-us/kb/2908007>
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--//You can upgrade to any of the following product(s):
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If you want to upgrade to higher edition, please intall service pack.
For additional information about supported version and edition upgrades refer to:
https://technet.microsoft.com/en-us/library/ms143393(v=sql.120).aspx