A sobreposição aparece se você pressionar e segurar um pouco mais. Uma rápida pressão e liberação deve mudar o layout sem mostrar a sobreposição.
Como solução alternativa, você pode definir outro atalho de teclado para alternar os layouts, veja isso para referência: O Ubuntu 17.10 não pode alterar o atalho de comutação de entrada para alt + shift .