O suporte do Servidor Web (IIS) nos serviços de função do Servidor de Aplicativos está lá para fornecer integração com o IIS para permitir que você hospede aplicativos usando tecnologias como o WCF.
Se o seu aplicativo for apenas um aplicativo ASP.NET/ASP/CGI/etc simples e você não estiver utilizando COM +, ativação de HTTP, Transações distribuídas, poderá prosseguir e remover essa função com segurança.