Existem duas opções que eu conheço para realizar pelo menos partes do seu objetivo.
Primeiro php safe_mode, o que pode dar aos seus desenvolvedores muito trabalho adicional.
Suhosin www.hardened-php.net
Quando instalado, você pode editar o /etc/php5/conf.d/suhosin.ini e definir:
suhosin.memory_limit = 512M
Qoute do Manual 1 :
suhosin.memory_limit
Type: Integer
Default: 0
Como os scripts longos não estão sendo executados dentro do safe_mode, eles estão livres para alterar o memory_limit para qualquer valor que desejarem. Suhosin muda este fato e proíbe a configuração do memory_limit para um valor maior do que aquele com o qual o script começou, quando esta opção é deixada em 0. Um valor maior que 0 significa que Suhosin não permite scripts configurando o memory_limit para um valor acima deste configurado limite. Isso é útil, por exemplo, se você quiser executar o script normalmente com um limite de 16 milhões, mas os scripts de processamento de imagem podem aumentá-lo para 20 milhões.
Pergunta do Stackoverflow para referência