O seu provedor de VPS pode estar fazendo truques no tempo de inicialização, resultando no /etc/fstab não precisando do sistema de arquivos raiz listado. Você pode encontrar o dispositivo e outros detalhes da saída do comando mount . Se você adicionar esses detalhes ao seu /etc/fstab , poderá adicionar as opções usrquota,grpquota para a próxima reinicialização.
Se isso não funcionar no seu VPS, você poderá aproximar essas opções de montagem ativando-as posteriormente no processo de inicialização. Por exemplo, eu uso usrjquota=aquota.user,jqfmt=vfsv0 em um sistema de arquivos ext3. Se eu não tivesse acesso ao meu /etc/fstab , poderia tentar editar meu /etc/rc.local e adicionar algo como:
mount -o remount,usrjquota=aquota.user,jqfmt=vfsv0 /that/filesystem