As velocidades de transferência são prejudicadas por três fatores. Velocidades de largura de banda, protocolo e disco.
Largura de banda
Isso realmente não parece ser o problema - como você mencionou que está em uma LAN - idealmente não há muito a dar errado em uma LAN, exceto para outros usuários que usam mais largura de banda na rede ou má recepção (seja WIFI ou cabo de longa distância).
Protocolo
É aí que mais sobrecarga entra em jogo. Você comparou as velocidades de Bittorrent e SFTP - bem esses protocolos diferem extremamente. Bittorrent é um protocolo de transferência de arquivos altamente compactado, multi-threaded, multi-seed (multi-peer). O SFTP é o SSH FTP sobre que pode adicionar alguma sobrecarga, especialmente quando emparelhado com problemas Bandwidth .
Disco
Os discos rígidos são a última coisa que as pessoas suspeitam ao falar sobre velocidades de download ou upload. No entanto, você só pode salvar (e gravar) dados tão rápido quanto os discos rígidos podem girar (a menos que você esteja usando um SSD (Solid State Disk), caso em que isso não se aplica a você).
Notei que você mencionou que pode fazer o download do Bittorrent para o seu laptop e experimentar velocidades de uplink ruins para seu servidor. Você já tentou executar testes de velocidade da Internet para o seu servidor doméstico? Isso deve ajudá-lo a avaliar as velocidades da "Internet" para o servidor. Em segundo lugar, garanta que você não tenha nenhum outro grande tráfego na sua rede quando estiver executando esses testes (como abrir o Bittorrent), pois isso produzirá resultados inválidos.