dm-crypt não depende do LVM. Ele pode criptografar qualquer dispositivo de bloco, como CDs, até trocar espaço.
Ele suporta um monte de modos de operação , alguns dos quais impactam o desempenho mais do que outros, e todos interagem diferentemente com o sistema de arquivos. A criptografia não opera necessariamente usando o mesmo tamanho de bloco do próprio dispositivo: o modo de operação XEX-TCB-CTS (XTS) usa deliberadamente blocos que não são igualmente divisíveis pelos tamanhos dos blocos de hardware, por exemplo.
No entanto, na realidade, a sobrecarga da criptografia é tão grande que não faz nenhuma diferença. Portanto, recomendo que você escolha seu sistema de arquivos com base em considerações de confiabilidade.
Como maaartinus aponta, se a sua CPU suportar o conjunto de instruções AES-NI ( cat /proc/cpuinfo para descobrir), a criptografia será rápida o suficiente para fazer sentido testar diferentes sistemas de arquivos. No entanto, as diferenças entre os vários sistemas de arquivos ainda devem ser comparáveis ao uso de nenhuma criptografia, e o conselho usual seria válido. Eu ainda recomendo escolher um sistema de arquivos baseado em considerações de confiabilidade, não de velocidade.