Existem várias filas que podem estar envolvidas; Eu acho que sua descrição está incompleta.
O IIS permite especificar que partes específicas de um site sejam executadas em pools de aplicativos diferentes, cada um deles executado em um processo de trabalho separado.
Cada Pool de Aplicativos tem uma fila de pedidos no modo kernel (padrão para 1000 solicitações) usada para garantir que, no caso de um W3WP reciclado (processo de trabalho), as solicitações não sejam perdidas, mas isso também se torna o limite máximo prático para solicitações pendentes em um determinado momento.
Se esta fila ficar cheia, você receberá um 503.
Frameworks de aplicativos - como .Net ou ASP clássico - também podem implementar sua própria fila de solicitações no modo de usuário, que é executada no processo de trabalho. Não acredito que seja possível priorizar solicitações diferentes dentro da estrutura (a menos que haja um recurso do ASP.Net que faça isso com o qual eu não esteja familiarizado).
Se você tiver um número limitado de encadeamentos no pool de threads de cada processo, separar aplicativos em (por exemplo) conteúdo estático e pools de aplicativos de conteúdo ativo pode ajudar a manter o trabalho básico fora do pool de threads de um processo de aplicativo ocupado. (Da mesma forma, adicionar mais threads é (sem dúvida) uma abordagem razoável para isso).