Eu recomendo a execução de instâncias de inicialização do EBS por vários motivos, incluindo isso. No entanto, é possível clonar uma instância de armazenamento de instância em execução (executada a partir de uma AMI com backup S3).
Aqui está um artigo que escrevi há três anos sobre como fazer isso:
WARNING: This is only for instance-store instances. Please use EBS boot instead!
Creating a New Image for EC2 by Rebundling a Running Instance
http://alestic.com/2009/06/ec2-ami-bundle
Eu não testei esse método em anos, então é possível que as ferramentas de linha de comando tenham mudado para exigir novas opções, mesmo que a Amazon trabalhe duro para se manter compatível.
Observe que isso só copiará os dados no disco raiz para a nova AMI. Os arquivos armazenados no armazenamento efêmero (por exemplo, / mnt) não são copiados.
Observe que, após clonar uma instância, você acaba com duas cópias do sistema que precisam ser gerenciadas. Isso não é bom para coisas que precisam ter uma única cópia central, como bancos de dados ou armazenamentos de arquivos.