O OTRS tem filtros de postmaster que você pode usar para capturar valores de emails recebidos e fazer ações de tickets a partir dele. Obviamente, você terá mais sucesso se processar e-mails de uma fonte automatizada.
Uma alternativa seria usar os cabeçalhos de e-mail, nos quais você pode enviar um cabeçalho de e-mail como X-OTRS-State com um valor "Fechado" para atualizar o estado do ticket.