Eu tenho um servidor virtual rodando Debian 5 onde qualquer ação é muito lenta (como verificação de senha quando logando via SSH ou fazendo su). Eu verifiquei a média de carga, que está pairando em torno de 1-2. Então eu parei todos os serviços (apache, mysql, postfix, etc) que eu poderia pensar e a média de carga caiu para 1,00. Mas não vai mais longe ...
Eu olhei para cima e nenhum processo parece estar usando CPU ou memória de forma incomum. Os arquivos de log não mostram atividades incomuns e o tráfego de rede parece ser normal.
Que outras ferramentas posso usar para diagnosticar o problema? Como posso descobrir o que está "preso"? É possível que a máquina host esteja com defeito aqui?
Eu me lembro de ter um problema com um servidor que era assim (carregar em 1, mas não em CPU). Nesse caso em particular, isso foi causado por processos no estado "Sono Ininterrupto". Faça um ps aux e procure por processos com "D" na coluna STAT. Eu sinceramente não me lembro muito sobre esse problema, mas talvez seja um toehold você pode usar para uma investigação mais aprofundada.
Use o vmstat e veja se o tempo mais utilizado é Sistema, Usuário, espera ou Roubar tempo.
Depois disso, é mais fácil encontrar o seu processo maligno. : D
Esta é uma boa explicação: link