Os contras que você descreveu não são realmente reais, no mundo moderno de TI. O hardware é bastante barato, e o ROI visto quando a virtualização é usada é alto e rápido. Atualizações de software e gerenciamento são fáceis de gerenciar usando chef ou fantoche. Os problemas de segurança são localizados em uma única VM, e não em uma máquina de terminal inteira, e se você escolher a solução certa, a segurança, no nível de atualização, será tratada pelo fornecedor. BTW, para acelerar o acesso ao repositório, use o git - seus desenvolvedores vão se apaixonar por ele, uma vez que eles superem o choque inicial
Com uma máquina terminal, o gerenciamento de recursos pode acabar ficando muito difícil, com as VMs, você não apenas obtém melhor alocação de recursos, mas também obtém uma justificativa melhor para obter um hardware melhor.