A solução ficou óbvia agora que penso nisso. Você precisa ativar o SQL Server no modo de usuário único.
Isso permite que você faça logon (usando o SSMS) a partir do localhost com permissões sysadmin. A partir daqui, você pode criar novos logins (incluindo logins de conta de domínio, se desejado).
Veja como iniciar o SQL Server no modo de usuário único Veja mais informações sobre como iniciar o SQL Server a partir do comando promp t (que você terá que para o modo de usuário único).