Não, não há diferença entre IPv4 e IPv6 a esse respeito porque os subdomínios DNS não são não delegados para endereços, apenas para nomes. Aqui está como aparece em um arquivo de zona típico:
home.example.com. IN NS ns1.something.example. IN NS ns2.something.example.
Veja? Você não indica os endereços IP de ns1 e ns2. Eles podem ser IPv4, IPv6 ou ambos.
Mas você realmente precisa de delegação? Pelo que você descreve, adicionar um registro AAAA para stuff.home.example.com através da interface do seu hoster de DNS deve ser suficiente.
Agora, para o "erro de pesquisa de DNS", pode depender do resolvedor que você usa (normalmente o do seu IAP). Alguns não têm conectividade IPv6 (uma pena em 2010, mas acontece).