Não tenho certeza de quais bits de atributo divididos usam para definir uma partição oculta, você precisaria examinar o código-fonte. Mas pelo que você experimentou, deve ser diferente.
A Microsoft define esses atributos de partição para GPT: Bit 60 - somente leitura, Bit 62 - oculto, Bit 63 - Não automontar
Para mais informações, consulte este artigo da wiki .
E como você faria isso do Linux? Bem, você pode verificar a documentação do parted para ver se permite definir bits de atributos personalizados para uma entrada de partição; e se não, então você precisaria modificar o código-fonte para definir o bit microsoft também.