A resposta é bem ridícula, eu acho; Acontece que o Ubuntu moveu os arquivos para o .Trash1000, mas não permitiu que a Lixeira esvaziasse as pastas .trash nos meus conjuntos de dados do ZFS. Eu estou supondo que este é um problema de permissões ou algo assim desde que meus conjuntos de dados ZFS são montados com raiz e, em seguida, eu corri chmod 777 em todos eles para permitir que meu usuário usá-los.
De qualquer forma, excluir a pasta .Trash1000 corrigiu o "problema".