Algumas coisas eu verificaria:
- Verifique se você tem um "NameVirtualHost ***: 80" em sua configuração. Se o "*: 80" for diferente, pode entrar em conflito com o valor em "VirtualHost" (em geral, há menos problemas se forem iguais).
- Assegure-se de que você não tenha outro "VirtualHost" definido em algum lugar que possa estar em conflito com este (eu suponho tudo em "sites-available" assim como qualquer outro arquivo de configuração do Apache).
- Verifique o log de erros para certificar-se de que nada "ruim" esteja acontecendo. Ativar e verificar o log de acesso também pode ser útil.
- Verifique se os arquivos / conteúdo nos dois diretórios são o que você acha que é. Se você os tiver de alguma forma misturados, pode estar funcionando como esperado.
- Pare e inicie o serviço Apache. Em teoria, o recarregamento deve funcionar, mas apenas no caso (não seria a primeira vez que vi o recarregamento falhar, mas parar / iniciar o trabalho).
Se você percorrer tudo isso e ainda não conseguir obter o que deseja, eu criaria um conjunto mínimo de configurações do Apache (removesse todas as configurações existentes e crias temporárias) e começaria a alterar as etapas, uma de cada vez, para veja onde as coisas estão dando errado.