Existem pelo menos duas causas prováveis de diferença entre os dois métodos:
-
O zypper cuida das dependências. Assim, se o ImageMagick depender de uma biblioteca vinculada dinamicamente que você não possui, ele será recuperado para que o ImageMagick possa fornecer o recurso relacionado a essa biblioteca. Nesse caso, o executável resultante de sua própria compilação deve funcionar agora que o ImageMagick e suas dependências estão instalados.
-
O zypper (AFAIK) não compila o pacote, apenas instala um binário pré-compilado. Existem dependências que são necessárias apenas em tempo de compilação para poder compilar recursos específicos, geralmente cabeçalhos de bibliotecas (pacotes -dev ou -devel). Se você não tiver, configure pode omitir para habilitar o recurso para compilação com mais ou menos verbosidade. Para instalá-los, o comando correto parece ser:
# zypper in -d imagemagick