Não tenho certeza se você já tentou isso, mas reparei aqui:
Note that the module runs as the web server user, so the PAM modules used must be able to authenticate the users without being root; that means that if you want to use the pam_unix.so module to autenticate users you need to let the web server user to read the /etc/shadow file if that does not scare you (on Debian like systems you can add the www-data user to the shadow group).
LEITURA do módulo NAMX HTTP Auth PAM
Não consigo confirmar sua configuração, pois não estou usando o pam_unix.so.