Eu tive exatamente o mesmo problema. Eu também tentei apagar o arquivo fdeploy.ini e recebi uma mensagem no GPMC que não conseguiu localizar as configurações, então elas estão claramente definidas lá, mas algumas configurações em outro lugar estão ativando essas configurações e apontando para esse arquivo.
Embora não tenha encontrado uma maneira de remover completamente as configurações, descobri uma solução melhor. Em vez de desmarcar Impor no DDP, expanda a pasta Objetos de Diretiva de Grupo, clique com o botão direito do mouse no DDP e, no submenu Status do GPO, marque a caixa de seleção Configurações de Usuário Desativada.
Isso permitirá que você deixe o DDP aplicado sem qualquer efeito negativo, pois não há configurações de usuário no DDP. Não é bonito e ainda gostaria de saber como se livrar completamente das configurações, mas a política funcionará corretamente.