Algo está bagunçado com o IIS quando isso ocorre. Eu corri para isso algumas vezes ao fazer personalizações manuais para applicationHost.config e ter um erro de digitação.
Se for um problema de configuração, um truque que pode funcionar é abrir o Gerenciador do IIS e navegar um pouco. O Gerenciador do IIS funcionará realmente se o IIS estiver inativo e, se houver um erro de sintaxe, fornecerá uma mensagem de erro bastante específica sobre qual é o problema.
Ele também pode ocorrer se o seu applicationHost.config estiver fazendo referência a um módulo que não está instalado nesse servidor. Se for esse o caso, a melhor solução é desinstalar o que você acabou de instalar ou extrair manualmente partes da configuração até você descobrir o que a causou.
Alternativamente, tente reverter para um backup anterior do IIS para confirmar que é um problema .config. Além disso, confira o Event Viewer. Deve dar mais pistas.