"você pode geralmente confiar que eles correm em grande escala suficiente para ter back-up sério" - objeção m'lud, assume fatos não em evidência. Muitos provedores de SaaS grandes não têm backups decentes; na verdade, muitos deles não oferecem esse recurso tendo em algum lugar das letras miúdas a responsabilidade de ter backups dos dados contidos no aplicativo (geralmente isso é combinado com a incapacidade total de exportar seus dados para fora do aplicativo; sim, captura incrível 22 lá)
No que diz respeito a fazer os seus próprios backups de dados armazenados no seu próprio servidor, sim, é geralmente possível. No entanto, dizer-lhe como fazê-lo em geral não é possível, porque diferentes aplicativos / serviços exigem procedimentos diferentes - você precisa executar uma ferramenta para o SVN, outra para o MySQL e assim por diante.
Para produtos comerciais, pode ser muito difícil fazer um backup sem a ferramenta, porque eles fizeram algo "interessante" com o armazenamento de dados. Pessoalmente, qualquer produto que não venha com as ferramentas necessárias para fazer o backup corretamente será enviado de volta como "não adequado à finalidade" - se você não puder fazer o backup, ele não será gerenciado de maneira eficaz. Cobrar extra por uma ferramenta de backup é um sinal de extorsão. Um dos benefícios de usar praticamente todo o Software Livre.
EDIT : Acho que entendi mal sua pergunta e, na verdade, você está reclamando dos custos dos backups fornecidos pelos provedores de VPS. Isso é apenas marketing padrão - o baixo custo inicial do sistema (para que você possa anunciar suas ofertas de VPS de US $ 0,89 / década) e, em seguida, o custo atraente para todos os complementos que as pessoas não consideram até assinarem os contratos (para que você possa realmente ter lucro). Coisas bem padronizadas - estou surpreso que você ainda não esteja familiarizado com isso. Sim, você pode usar um backup fora do site que é mais barato, embora devolver seus dados para a máquina depois que uma falha precisar ser considerada também.
Não economize nos seus backups, no entanto. O que a maioria das pessoas considera ser um backup "superespecífico" é, no final das contas, sobre o mínimo que é realmente útil. Estou disposto a apostar que você nunca restaurou um backup completo do sistema sob pressões de tempo de clientes ou chefes que estão respirando no seu pescoço se perguntando por que você não pode simplesmente pressionar um botão mágico e ter tudo "restaurado do backup AGORA!" . Demore um pouco e agora, você tem um pouco de folga, para configurar os backups corretamente, porque se você precisar usá-los, eles realmente precisam ser super-surpreendentes.