Eles atualizaram o site desde 27 de maio, quando Matt respondeu, mas agora a página procrun explica um pouco melhor :
One of jvm, Java or exe. The modes are:
jvm - start Java in-process. Depends on jvm.dll, see --Jvm.
Java - same as exe, but automatically uses the default Java executable, i.e. %JAVA_HOME%\bin\java.exe. Make sure JAVA_HOME is set correctly, or use --JavaHome to provide the correct location. If neither is set, procrun will try to find the default JDK (not JRE) from the Windows registry.
exe - run the image as a separate process
Que essencialmente explica o método Java é lançado (no processo, externo, externo com uma JVM diferente); mas eu me pergunto qual é a diferença realmente, eles devem ser praticamente o mesmo IMHO (exceto se o padrão é um JVM não otimizado e você escolhe um "servidor externo", que poderia se beneficiar com suas otimizações mais agressivas, eu só posso adivinhar).