Eu não vi nada que exista para fazer isso. Parece o tipo de coisa que você precisa para escrever um script Perl (ou Python, etc.).
O mais fácil seria passar por todas as linhas e criar uma tabela de hash de registros A. Em seguida, percorra o arquivo e, para cada registro CNAME, faça uma pesquisa de hash para o registro A. Se não for encontrado, sinalize essa linha como não sendo uma entrada CNAME válida.
Deve ser muito simples.