Você deve criar outro repositório reprepro ao lado do primeiro, contendo apenas os debs do PPA. Isso requer disciplina de você e seus colegas de trabalho. Você terá que adicionar uma segunda linha no arquivo sources.list também.
Acho que você está atingindo os limites do software. Você deve dar uma olhada em Aptly , que parece muito legal e tem recursos bastante avançados.