/var/run é um link simbólico em /run e isso é apenas uma tmpfs montagem criada na inicialização. Tudo nele é armazenado na RAM e morre na reinicialização.
Então as coisas já são um pouco diferentes. Eu não consigo ver nada sobre o tmpfs sendo configurado para fazer o autoclean, a não ser nas reinicializações, e acabei de passar por isso:
sudo mkdir /run/pie
sudo touch /run/pie/pies
sudo rm /run/pie/pies
ls # /run/pie/ still exists, empty
Portanto, pode ser apenas você - ou pode ser um daemon de limpeza. Eu fiz uma pesquisa rápida em /etc , mas não consigo encontrar nada. Você pode ter mais sorte: sudo grep -R 'tmpfs' /etc/