A ferramenta link pode iniciar ou reparar o novo disco também. Certifique-se de que sua partição restaurada é a primeira primária, tão pequena quanto a original. Você pode verificar isso com o GParted do clonezilla ou do PMagic boot CD. Eles também têm uma opção de inicialização para o disco supergrub. Certifique-se de que o tipo de MBR esteja configurado para DOS.
Se a nova unidade IDE não for grande para o BIOS 'ver', tente inicializar a partir de um disquete. Experimente o disco de imagem Win98 do link e acesse o disco rígido. Um simples fdisk / mbr pode ser tudo o que precisa.
Long shot: Qual é a data do BIOS da sua máquina cnc? Se for muito antigo, talvez não reconheça discos IDE maiores. A empresa de discos pode ter um utilitário 'overlay' que faz a carga do disco e falsifica a bios.
Boa sorte no novo trabalho! Deixe-nos e seu substituto saber como isso funciona!