Eu tive o mesmo problema enquanto o KeePass2 estava rodando em mono.
Isso foi um truque para mim:
sudo apt-get install xsel:i386
Depois de atualizar meu Kubuntu 14.04 LTS para 16.04 LTS, alguns dias atrás, tudo correu bem.
Mas agora eu experimentei que às vezes (não consigo nem reproduzir ou encontrar qualquer regra para isso) minha área de transferência acerta e erra (por exemplo, às vezes não consigo colar valores). A pior experiência é com o PHPStorm da Intellij. Eu simplesmente não sou capaz em 90% do tempo (não importa qual é a fonte da cópia) para colar quaisquer textos.
A única coisa que encontrei na net foi a dica para usar o pacote OpenJDK que compreendo:
PhpStorm 2016.3.2
Build # PS-163.10504.2, construído em 20 de dezembro de 2016
JRE: 1.8.0_112-release-408-b6 amd64
JVM: VM do servidor OpenJDK de 64 bits da JetBrains s.r.o
Como eu nem sei por onde começar a procurar essa questão, você pode me ajudar?
Mais algumas informações:
UPDATE
A única questão aqui que se aproxima da minha, mas não tem solução, é: Kubuntu 15.04 A área de transferência está se comportando de maneira estranha
Por favor, ajude, é tão chato: - (
Eu tive o mesmo problema enquanto o KeePass2 estava rodando em mono.
Isso foi um truque para mim:
sudo apt-get install xsel:i386