Parece que você conhece um pouco de AD, mas não muito, então vou sugerir que você faça um curso introdutório sobre o AD ou um curso mais aprofundado sobre o AD e o Windows Server Management. como um todo. Ele irá responder a toneladas de suas perguntas, e as pessoas que administram o curso devem ser capazes de responder algumas de suas perguntas com cenários hipotéticos. Você deve ser capaz de lançar seu layout de rede atual para eles, e eles devem dar sugestões sobre onde melhorar, porque integrar os servidores no AD é uma boa idéia, como proteger as pessoas deles, etc.
Provavelmente, se a sua empresa valoriza você como administrador de sistema, eles também podem pagar pelos seus cursos, o que é um bônus.
Mas eu vou com todos sobre isso: Definitivamente, adicione seus servidores ao AD, mas faça o certo. Eu não tenho a liberdade de dizer exatamente o que é certo para a sua organização, porque eu não sei nada sobre isso, mas bloqueio o máximo que você pode, sem torná-lo inutilizável para as pessoas que precisam usá-lo.
E aqui está uma situação hipotética que pode fazer você pensar novamente sobre adicionar seus servidores ao AD: Você tem um desenvolvedor ou administrador do sistema, que é encerrado. Seu chefe liga para você e diz: "Esta pessoa DEVE ser bloqueada fora do sistema IMEDIATAMENTE. Suspeitamos que eles estejam tentando roubar informações protegidas da HIPAA, e ele não trabalha mais aqui. Proteja-o agora". (Eu estou supondo que vocês têm dados que são cobertos pelo HIPAA, como você mencionou na área de saúde)
Com a sua configuração atual, não apenas você precisa bloquear sua conta do AD, mas também precisa ir a cada servidor e desabilitar a conta dele também. Se os servidores estivessem no AD, você poderia desativar instantaneamente o acesso dele a esses servidores em menos de 30 segundos. É uma simples questão de: RDP para DC, Abra Usuários e Computadores do Active Directory, clique com o botão direito do mouse em seu nome, clique em Desabilitar. Bam, pronto. Ele está trancado.
Mas, definitivamente, coloque-os no AD assim que você entender a melhor maneira de mantê-los seguros.