Como o HopelessNOOb, recomendo obter ajuda profissional com isso.
Quando você sabe que um sistema foi comprometido, você não pode confiar em nenhum dado armazenado nele. Além disso, se o compromisso foi via HTTP, então provavelmente não há informações suficientes nos logs padrão para poder isolar o que ocorreu. É por isso que as pessoas que levam a sério a segurança do servidor da Web usarão algo como mod_security para obter logs muito mais detalhados e executar um IDS baseado em host para detectar comprometimentos.
The support specialist of hosting provider (after logs analysis) said that it was the security hole in our code
Se ele / ela puder fazer essa afirmação, ele / ela já deve saber a resposta para sua pergunta - isso ou a reivindicação não é fundamentada e eles realmente querem dizer que não encontraram nada de errado em suas coisas.
Seu objetivo deve ser tornar seu site on-line e seguro. Para tornar um site seguro, você precisa conectar todos os buracos - mas, para comprometer um site, você só precisa encontrar um furo: você sabe que tem pelo menos um furo no seu site, mas precisa consertar qualquer que existem - o que significa que você precisa adotar uma abordagem muito diferente para a segurança do seu site. Mesmo que você consiga identificar e corrigir a vulnerabilidade que foi explorada desta vez, a evidência mostra que você não tem os processos e habilidades para ter qualquer tipo de confiança de que este foi um incidente isolado.