Eu diria que a única maneira de proteger o código-fonte é não contratar ninguém e você é o único desenvolvedor do projeto.
Suponho que você poderia tentar dividir o projeto em módulos que são ligados individualmente mais tarde, para que ninguém possa montar seu produto completamente, mas não consigo imaginar a política (ou a moral diminuída) de tal ambiente ...
Caso contrário, você teria que conversar com um advogado sobre opções para processar desenvolvedores que o ativassem, aplicar um sistema de check-in de código que responsabilizasse quem já jogou com o código e usar muitos peer review para verificar malware escondido na fonte. E certifique-se de que todas as suas políticas (incluindo as cláusulas "sue-pants-off") sejam documentadas e conhecidas por seus funcionários.
É claro que há um grande desafio em fazer isso e não ser um idiota que merece ter seu código-fonte roubado.
Eu diria que você só tem que confiar em seus funcionários, assim como qualquer outro empregador tem que confiar em seus funcionários não estão usando o carro da empresa para corridas de arrancada e usando seus cubículos para executar um negócio pessoal de Lia Sophia ao lado. Não que você não vá se queimar de vez em quando, mas você vai estimular muito mais ressentimento e agitação se você tratar todo mundo como um criminoso.
Há também a possibilidade de uma mudança de atitude ... como o SO Podcast aponta, StackOverflow está sendo "roubado" periodicamente e re-proposto, mas obviamente há um original bem-sucedido ainda por aí. Se o seu código for roubado e alguém criar um negócio próspero baseado apenas no código fonte, a empresa em si tem falta de algumas áreas como experiência do cliente de suporte, profissionalismo, etc. Não é certo que ele seja roubado, mas ter alguma coisa tomada é sempre um risco que vem como um custo de fazer negócios, às vezes. Sem mencionar que é tecnicamente possível para alguém fazer engenharia reversa de qualquer produto (ou apenas roubar o produto e reembalá-lo, sem o código fonte, muito mais fácil de fazer ...)
Parece que a maioria das pessoas se preocupa com esse tipo de pirataria quando alguém rouba a fonte original e precisa brincar com a atualização e a alteração e compilação dessa forma.