Eu acho que você tem pelo menos duas opções. Você poderia:
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Altere a maneira como os arquivos são compartilhados para algo originalmente suportado pelos navegadores. Por exemplo, mova-os para uma ferramenta de compartilhamento de arquivos, como Caixa, ou para um servidor FTP (vinculado por SFTP ou FTPS para segurança) ou servidor Web (use autenticação integrada para acesso e HTTPS para segurança).
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Descubra se há uma configuração de segurança nos principais navegadores usados por sua empresa que está bloqueando esses links que podem ser desativados. Você pode potencialmente ter essa desativação em toda a empresa por meio de uma Política de Grupo. Como alternativa, especificamente para o IE, ter o site da intranet adicionado à lista "Sites confiáveis" no IE deve reduzir as restrições de segurança e tornar isso possível.