Use a solução do @Dane (copiada aqui):
read -n1 -p "Press any key to exit."
exit
E altere duas linhas no arquivo .desktop:
Exec=gksu "gnome-terminal -x bash -c /home/markku/PRGM.sh"
...
Terminal=false
Ou se sudo
funcionasse bem, seria mais simples:
Exec=sudo /home/markku/PRGM.sh
...
Terminal=true