A partir de 28 de março de 2017, você pode especificar tags para instâncias (e volumes anexados) como parte do comando run-instances
.
Exemplo:
aws ec2 run-instances --image-id ami-abc12345 --count 1 \
--instance-type t2.micro --key-name MyKeyPair \
--subnet-id subnet-6e7f829e \
--tag-specifications 'ResourceType=instance,Tags=[{Key=webserver,Value=production}]' 'ResourceType=volume,Tags=[{Key=cost-center,Value=cc123}]'
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Documentação adicional (veja o exemplo 4): link