Se este for qualquer tipo de sistema de produção em que residem dados importantes .... Eu levaria um backup completo pronto!
então eu faria o chkdsk / f para corrigir os erros. Você pode perder algumas informações no processo, mas, novamente, pode reparar sua estrutura de disco lógico quebrada.
Esteja ciente de que você pode estar olhando para o início de um problema no disco físico. E você pode perder tudo e ter que ir do zero. Seus backups serão úteis nesse ponto para voltar para onde você estava.